Prin activitatea pe care o desfășoară, Filiala din Cluj-Napoca a Academiei Române contribuie la dezvoltarea cunoașterii și la influențarea în sens pozitiv a societății românești.

Principala ei misiune constă în cercetarea științifică fundamentală și avansată, pe bază de programe de cercetare înscrise în planurile Academiei Române, precum și în activități conexe (organizarea de doctorate, difuzarea rezultatelor cercetărilor efectuate prin publicații, consultanță, participare și organizare de sesiuni științifice) în următoarele domenii: istorie, arheologie si istoria artei, științe socio-umane, folclor, lingvistică, matematică, geografie, astronomie, speologie și altele.

Filiala participă de asemenea la realizarea unor cercetări cu caracter interdisciplinar, în parteneriat cu alte institute din componența Secțiilor de specialitate ale Academiei Române sau cu alți parteneri din țară și străinătate, precum și la conceperea unor capitole din strategia elaborată de Academia Română pentru dezvoltarea României în următorii douăzeci de ani.